蔡司扫描电子显微镜对于材料科学、电子、地质、物理、化工、农医、公安、食品和轻工等领域的科学研究，人们总是关心微观形态、晶体结构和化学组成与宏观物理或化学性质之间的关系。光学显微系统已难以满足需要。电子显微系统的出现，使分辨率提高到纳米领域，并具有多功能的综合分析能力，为微观领域的深入研究提供了强有力的手段。
蔡司扫描电子显微镜是一种把经加速和聚集的电子束透射到非常薄的样品上，电子与样品中的原子碰撞而改变方向，从而产生立体角散射。散射角的大小与样品的密度、厚度等相关，因此可以形成明暗不同的影像，影像在放大、聚焦后在成像器件(如荧光屏，胶片以及感光耦合组件)上显示出来的显微镜。
蔡司扫描电子显微镜的工作原理是：透射电镜和光学显微镜的各透镜及光路图基本一致，都是光源经过聚光镜会聚之后照到样品，光束透过样品后进入物镜，由物镜会聚成像，之后物镜所成的一次放大像在光镜中再由物镜二次放大后进入观察者的眼睛，而在电镜中则是由中间镜和投影镜再进行两次接力放大后最终在荧光屏上形成投影供观察者观察。电镜物镜成像光路图也和光学凸透镜放大光路图一致。
蔡司扫描电子显微镜具有分辨率高、可与其他技术联用的优点。材料的微观结构对材料的力学、光学、电学等物理化学性质起着决定性作用。透射电镜作为材料表征的重要手段，不仅可以用衍射模式来研究晶体的结构，还可以在成像模式下得到实空间的高分辨像，即对材料中的原子进行直接成像，直接观察材料的微观结构。在化学领域，原位透射电镜因其超高的空间分辨率为原位观察气相、液相化学反应提供了一种重要的方法。利用原位透射电子显微镜进一步理解化学反应的机理和纳米材料的转变过程，以期望从化学反应的本质理解、调控和设计材料的合成。
